蝙蝠冠狀病毒Rf1(Bat SARS CoV Rf1/2004)是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒(SARSr-CoV)的一個病毒株,為SARS-CoV相關病毒,在中國湖北的馬鐵菊頭蝠樣本中發現,於2005年發表。
發現
2004年3月至11月,研究人員在中國廣東、天津、廣西與湖北四省市採集蝙蝠樣本,在湖北宜昌馬鐵菊頭蝠的糞便樣本中發現SARS相關病毒,即Rf1病毒,於2005年和Rp3病毒與Rm1病毒一起被發表[1]。
基因組
Rf1病毒的基因組長29709nt[2],序列與SARS-CoV的相似度為87.8%[3],其ORF8和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列,為一完整的開放閱讀框,人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rf1與人類SARS病毒ORF8輔助蛋白大小完全相同(由122個胺基酸組成),兩者胺基酸序列相似度為80%,相較之下Rp3與Rm1和SARS-CoV的ORF8胺基酸序列相似度僅有35%,但在刺突蛋白的S1區域,Rf1與Rp3及Rm1的關係比與SARS-CoV的關係接近,顯示這些病毒曾有基因重組發生[1]。另外Rf1與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域(receptor binding domain, RBD)有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失(但不見於WIV1病毒與SHC014病毒)[4]。
演化樹
截至2021年1月 (2021-01)[update],SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹:
參考文獻
- 病毒主题
- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英语).
- ^ Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. (原始内容存档于2021-04-13).
- ^ 3.0 3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 (英语).
- ^ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 . PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 (英语).
- ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英语).
- ^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英语).
- ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 (英语).
- ^ 8.0 8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 (英语).
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| NL63病毒 | 人類冠狀病毒NL63(HCoV-NL63) · NL63相關蝙蝠冠狀病毒(英语:NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b) |
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| 其他 | |
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| 乙型冠狀病毒屬 (β-CoV) | Embecovirus(英语:Embecovirus) (支系A) | | |
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| | 鼠冠狀病毒(M-CoV) | 鼠肝炎病毒(MHV) · 大鼠冠狀病毒(RCoV)(大鼠涎淚腺炎病毒SDAV · 帕克RCoV) |
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| | Merbecovirus(英语:Merbecovirus) (支系C) | |
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| | Nobecovirus(英语:Nobecovirus)(支系D) | |
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| 丙型冠状病毒属 (γ-CoV) | Cegacovirus | 鯨豚冠狀病毒(白鯨冠狀病毒SW1 · 瓶鼻海豚冠狀病毒HKU22) |
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| | Brangacovirus(英语:Brangacovirus) | |
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| Igacovirus(英语:Igacovirus) | |
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| 丁型冠狀病毒屬 (δ-CoV) | 鵯冠狀病毒HKU11(BuCoV HKU11) · 鶇冠狀病毒HKU12(ThCoV HKU12) · 文鳥冠狀病毒HKU13(英语:Munia coronavirus HKU13)(MuCoV HKU13) · 猪丁型冠状病毒(PdCV) · 繡眼冠狀病毒HKU16(英语:White-eye coronavirus HKU16)(WeCoV HKU16) · 麻雀冠狀病毒HKU17(SpCoV HKU17) · 鵲鴝冠狀病毒HKU18(MRCoV HKU18) · 夜鷺冠狀病毒HKU19 · 鴨冠狀病毒HKU20(WiCoV HKU20) · 紅冠水雞冠狀病毒HKU21(英语:Common moorhen coronavirus HKU21)(CMCoV HKU21) · 隼冠狀病毒HKU27(FalCoV UAE-HKU27) · 翎頜鴇冠狀病毒HKU28(HouCoV UAE-HKU28) · 鴿冠狀病毒HKU29(PiCoV UAE-HKU29) · 鵪鶉冠狀病毒HKU30(QuaCoV UAE-HKU30) |
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| | | SARSr-CoV | SARS-CoV-1相關病毒 | |
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| SARS-CoV-2相關病毒 | 人類病毒 | 變異株 | 需要关注的变异株(英语:SARS-CoV-2 variant of concern)(VOC) | Omicron(B.1.1.529) 子谱系:BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.10.1、BA.2.12、BA.2.12.1、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.2.86、BA.3、BA.4、BA.5、BA.5.2.1、BF.7、BQ.1、BQ.1.1、CH.1.1、EG.5、EG.5.1、 JN.1、XBB、XBB.1、XBB.1.5、XBB.1.9.2、XBB.1.16、XBF、 XE(西班牙语:Variante XE del SARS-CoV-2) |
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| 原需要关注的变异株 | Alpha(B.1.1.7) (带E484K版本)(書面挪威語:Lineage B.1.1.7 with E484K) · Beta(B.1.351) · Gamma(P.1) · Delta(B.1.617.2) |
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| 原需要留意的变异株(阿拉伯语:متحور مثير للاهتمام)(VOI) 及监视下的变异株(阿拉伯语:متحور قيد المراقبة)(VUM) | Zeta(英语:SARS-CoV-2 Zeta variant)(P.2) · Theta(英语:SARS-CoV-2 Theta variant)(P.3) · Epsilon(英语:SARS-CoV-2 Epsilon variant)(B.1.427、 B.1.429(書面挪威語:Lineage B.1.429)、CAL.20C) · Kappa(B.1.617.1) · Iota(英语:SARS-CoV-2 Iota variant)(B.1.526) · Eta(英语:SARS-CoV-2 Eta variant)(B.1.525) · Lambda(C.37) · Mu(B.1.621) |
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| 曾監視的變異株(FMV) | AV.1 · AT.1 · R.1(西班牙语:Variante R.1 del SARS-CoV-2) · B.1.466.2 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523(西班牙语:B.1.1.523) · B.1.619 · B.1.620(書面挪威語:Lineage B.1.620) · B.1.1.318(書面挪威語:Lineage B.1.1.318)/AZ.5 · C.1.2(他加禄语:SARS-CoV-2 Lineage C.1.2) · B.1.630 · B.1.640 · XD |
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| 其他变种 | B.1.1.207(書面挪威語:Lineage B.1.1.207) · B.1.1.317 · B.1.616(書面挪威語:Den bretonske koronavarianten) · B.1.618(書面挪威語:Lineage B.1.618) · B.1.640.2(德语:B.1.640.2) · Deltacron(書面挪威語:«Deltacron») · XF · Cluster 5(英语:Cluster 5)(已消亡) |
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| 错义突变 | del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R(書面挪威語:Mutasjon L452R) · Y453F · S477G/N · E484Q(書面挪威語:Mutasjon E484Q) · E484K(書面挪威語:Mutasjon E484K) · F490S · N501Y(書面挪威語:Mutasjon N501Y) · N501S · D614G(書面挪威語:Mutasjon D614G) · Q677P/H · P681H(書面挪威語:Mutasjon P681H) · P681R(書面挪威語:Mutasjon P681R) · A701V(書面挪威語:Mutasjon A701B og mutasjon A701V) |
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| 蝙蝠病毒 | |
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| 其他 | 穿山甲冠狀病毒(GD · GX · Pangolin-CoV-2020) |
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| 其他 | |
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| 相關病毒 | |
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