YTHDC2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2YU6

Ідентифікатори

Символи

YTHDC2, CAHL, YTH domain containing 2, hYTHDC2

Зовнішні ІД

OMIM: 616530 MGI: 2448561 HomoloGene: 11265 GeneCards: YTHDC2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA polymerase binding • ATP binding • hydrolase activity • GO:0008026 helicase activity • nucleic acid binding • ATP-dependent activity, acting on RNA • RNA binding • N6-methyladenosine-containing RNA binding • GO:0034459 3'-5' RNA helicase activity
Клітинна компонента	• ендоплазматичний ретикулум • цитоплазма • клітинне ядро • ribonucleoprotein granule
Біологічний процес	• response to tumor necrosis factor • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • response to interleukin-1 • positive regulation by host of viral genome replication • Сперматогенез • spermatid development • диференціація клітин • Оогенез • oocyte development • GO:0007126 мейоз • germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


64848


240255

Ensembl


ENSG00000047188


ENSMUSG00000034653

UniProt


Q9H6S0


B2RR83

RefSeq (мРНК)


NM_022828 NM_001345975 NM_001345976


NM_001163013

RefSeq (білок)


NP_001332904 NP_001332905 NP_073739


NP_001156485

Локус (UCSC)

Хр. 5: 113.51 – 113.6 Mb

Хр. 18: 44.96 – 45.02 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

YTHDC2 (англ. YTH domain containing 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 430 амінокислот, а молекулярна маса — 160 248^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSRPSSVSPR	QPAPGGGGGG	GPSPCGPGGG	GRAKGLKDIR	IDEEVKIAVN
IALERFRYGD	QREMEFPSSL	TSTERAFIHR	LSQSLGLVSK	SKGKGANRYL
TVKKKDGSET	AHAMMTCNLT	HNTKHAVRSL	IQRFPVTNKE	RTELLPKTER
GNVFAVEAEN	REMSKTSGRL	NNGIPQIPVK	RGESEFDSFR	QSLPVFEKQE
EIVKIIKENK	VVLIVGETGS	GKTTQIPQFL	LDDCFKNGIP	CRIFCTQPRR
LAAIAVAERV	AAERRERIGQ	TIGYQIRLES	RVSPKTLLTF	CTNGVLLRTL
MAGDSTLSTV	THVIVDEVHE	RDRFSDFLLT	KLRDLLQKHP	TLKLILSSAA
LDVNLFIRYF	GSCPVIYIQG	RPFEVKEMFL	EDILRTTGYT	NKEMLKYKKE
KQQEEKQQTT	LTEWYSAQEN	SFKPESQRQR	TVLNVTDEYD	LLDDGGDAVF
SQLTEKDVNC	LEPWLIKEMD	ACLSDIWLHK	DIDAFAQVFH	LILTENVSVD
YRHSETSATA	LMVAAGRGFA	SQVEQLISMG	ANVHSKASNG	WMALDWAKHF
GQTEIVDLLE	SYSATLEFGN	LDESSLVQTN	GSDLSAEDRE	LLKAYHHSFD
DEKVDLDLIM	HLLYNICHSC	DAGAVLIFLP	GYDEIVGLRD	RILFDDKRFA
DSTHRYQVFM	LHSNMQTSDQ	KKVLKNPPAG	VRKIILSTNI	AETSITVNDV
VFVIDSGKVK	EKSFDALNFV	TMLKMVWISK	ASAIQRKGRA	GRCRPGICFR
LFSRLRFQNM	LEFQTPELLR	MPLQELCLHT	KLLAPVNCPI	ADFLMKAPEP
PPALIVRNAV	QMLKTIDAMD	TWEDLTELGY	HLADLPVEPH	LGKMVLCAVV
LKCLDPILTI	ACTLAYRDPF	VLPTQASQKR	AAMLCRKRFT	AGAFSDHMAL
LRAFQAWQKA	RSDGWERAFC	EKNFLSQATM	EIIIGMRTQL	LGQLRASGFV
RARGGGDIRD	VNTNSENWAV	VKAALVAGMY	PNLVHVDREN	LVLTGPKEKK
VRFHPASVLS	QPQYKKIPPA	NGQAAAIKAL	PTDWLIYDEM	TRAHRIANIR
CCSAVTPVTI	LVFCGPARLA	SNALQEPSSF	RVDGIPNDSS	DSEMEDKTTA
NLAALKLDEW	LHFTLEPEAA	SLLLQLRQKW	HSLFLRRMRA	PSKPWSQVDE
ATIRAIIAVL	STEEQSAGLQ	QPSGIGQRPR	PMSSEELPLA	SSWRSNNSRK
SSADTEFSDE	CTTAERVLMK	SPSPALHPPQ	KYKDRGILHP	KRGTEDRSDQ
SSLKSTDSSS	YPSPCASPSP	PSSGKGSKSP	SPRPNMPVRY	FIMKSSNLRN
LEISQQKGIW	STTPSNERKL	NRAFWESSIV	YLVFSVQGSG	HFQGFSRMSS
EIGREKSQDW	GSAGLGGVFK	VEWIRKESLP	FQFAHHLLNP	WNDNKKVQIS
RDGQELEPLV	GEQLLQLWER	LPLGEKNTTD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24721 (англ.) . Процитовано 5 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9H6S0 (англ.) . Архів оригіналу за 20 листопада 2016. Процитовано 5 вересня 2017.