YTHDC1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2YUD, 4R3H, 4R3I

Ідентифікатори

Символи

YTHDC1, YT521, YT521-B, YTH domain containing 1

Зовнішні ІД

OMIM: 617283 MGI: 2443713 HomoloGene: 15796 GeneCards: YTHDC1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • N6-methyladenosine-containing RNA binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро • nuclear speck • клітинна мембрана • нуклеоплазма
Біологічний процес	• mRNA processing • mRNA splice site selection • Сплайсинг РНК • regulation of mRNA splicing, via spliceosome • mRNA export from nucleus • dosage compensation by inactivation of X chromosome • posttranscriptional regulation of gene expression
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


91746


231386

Ensembl


ENSG00000275272 ENSG00000083896


ENSMUSG00000035851

UniProt


Q96MU7


E9Q5K9

RefSeq (мРНК)


NM_001031732 NM_133370 NM_001330698


NM_177680 NM_001347375 NM_001347376 NM_001359907 NM_001359908

RefSeq (білок)


NP_001026902 NP_001317627 NP_588611


NP_001334304 NP_001334305 NP_808348 NP_001346836 NP_001346837

Локус (UCSC)

Хр. 4: 68.31 – 68.35 Mb

Хр. 5: 86.95 – 86.98 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

YTHDC1 (англ. YTH domain containing 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 727 амінокислот, а молекулярна маса — 84 700^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAADSREEKD	GELNVLDDIL	TEVPEQDDEL	YNPESEQDKN	EKKGSKRKSD
RMESTDTKRQ	KPSVHSRQLV	SKPLSSSVSN	NKRIVSTKGK	SATEYKNEEY
QRSERNKRLD	ADRKIRLSSS	ASREPYKNQP	EKTCVRKRDP	ERRAKSPTPD
GSERIGLEVD	RRASRSSQSS	KEEVNSEEYG	SDHETGSSGS	SDEQGNNTEN
EEEGVEEDVE	EDEEVEEDAE	EDEEVDEDGE	EEEEEEEEEE	EEEEEEEEEY
EQDERDQKEE	GNDYDTRSEA	SDSGSESVSF	TDGSVRSGSG	TDGSDEKKKE
RKRARGISPI	VFDRSGSSAS	ESYAGSEKKH	EKLSSSVRAV	RKDQTSKLKY
VLQDARFFLI	KSNNHENVSL	AKAKGVWSTL	PVNEKKLNLA	FRSARSVILI
FSVRESGKFQ	GFARLSSESH	HGGSPIHWVL	PAGMSAKMLG	GVFKIDWICR
RELPFTKSAH	LTNPWNEHKP	VKIGRDGQEI	ELECGTQLCL	LFPPDESIDL
YQVIHKMRHK	RRMHSQPRSR	GRPSRREPVR	DVGRRRPEDY	DIHNSRKKPR
IDYPPEFHQR	PGYLKDPRYQ	EVDRRFSGVR	RDVFLNGSYN	DYVREFHNMG
PPPPWQGMPP	YPGMEQPPHH	PYYQHHAPPP	QAHPPYSGHH	PVPHEARYRD
KRVHDYDMRV	DDFLRRTQAV	VSGRRSRPRE	RDRERERDRP	RDNRRDRERD
RGRDRERERE	RLCDRDRDRG	ERGRYRR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Nagase T., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XXII. The complete sequences of 50 new cDNA clones which code for large proteins. DNA Res. 8: 319—327. PMID 11853319 DOI:10.1093/dnares/8.6.319

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30626 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.
↑ UniProt, Q96MU7 (англ.) . Архів оригіналу за 7 листопада 2016. Процитовано 30 серпня 2017.