SNRPE

Наявні структури

Пошук для людей: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3CW1, 3PGW, 3S6N, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR

Ідентифікатори

Символи

SNRPE, B-raf, HYPT11, SME, Sm-E, Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide E, snRNP-E

Зовнішні ІД

OMIM: 128260 MGI: 3650419 HomoloGene: 136765 GeneCards: SNRPE

Пов'язані генетичні захворювання

hypotrichosis 11^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • SMN-Sm protein complex • гіалоплазма • catalytic step 2 spliceosome • U12-type spliceosomal complex • нуклеоплазма • methylosome • U7 snRNP • small nuclear ribonucleoprotein complex • pICln-Sm protein complex • telomerase holoenzyme complex • spliceosomal complex • U4 snRNP • клітинне ядро • U5 snRNP • U2 snRNP • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • precatalytic spliceosome • U1 snRNP • U2-type catalytic step 2 spliceosome • U2-type precatalytic spliceosome
Біологічний процес	• hair cycle • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA processing • spliceosomal snRNP assembly • spliceosomal complex assembly • histone mRNA metabolic process • import into nucleus • Сплайсинг РНК
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6635


102632439

Ensembl


ENSG00000182004


н/д

UniProt


P62304


н/д

RefSeq (мРНК)


NM_001304464 NM_003094 NM_001328637 NM_001328638


н/д

RefSeq (білок)


NP_001291393 NP_001315566 NP_001315567 NP_003085


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 1: 203.86 – 203.87 Mb

н/д

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SNRPE (англ. Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide E) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 92 амінокислот, а молекулярна маса — 10 804^[5].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAYRGQGQKV		QKVMVQPINL		IFRYLQNRSR		IQVWLYEQVN		MRIEGCIIGF
DEYMNLVLDD		AEEIHSKTKS		RKQLGRIMLK		GDNITLLQSV		SN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Pillai R.S., Will C.L., Luehrmann R., Schuemperli D., Mueller B. (2001). Purified U7 snRNPs lack the Sm proteins D1 and D2 but contain Lsm10, a new 14 kDa Sm D1-like protein. EMBO J. 20: 5470—5479. PMID 11574479 DOI:10.1093/emboj/20.19.5470
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
Pomeranz Krummel D.A., Oubridge C., Leung A.K., Li J., Nagai K. (2009). Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. Nature. 458: 475—480. PMID 19325628 DOI:10.1038/nature07851
Leung A.K., Nagai K., Li J. (2011). Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis. Nature. 473: 536—539. PMID 21516107 DOI:10.1038/nature09956
Stanford D.R., Perry C.A., Holicky E., Rohleder A.M., Wieben E.D. (1988). The small nuclear ribonucleoprotein E protein gene contains four introns and has upstream similarities to genes for ribosomal proteins. J. Biol. Chem. 263: 17772—17779. PMID 2972723

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з SNRPE переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11161 (англ.) . Процитовано 25 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, P62304 (англ.) . Архів оригіналу за 25 серпня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.