SMARCA5

Ідентифікатори

Символи

SMARCA5, ISWI, SNF2H, WCRF135, hISWI, hSNF2H, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5

Зовнішні ІД

OMIM: 603375 MGI: 1935129 HomoloGene: 55764 GeneCards: SMARCA5

Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0031493 histone binding • GO:0102490, GO:0102491, GO:0102489, GO:0102488, GO:0102487, GO:0102486, GO:0102485 hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nucleosome binding • hydrolase activity • DNA binding • ATP binding • ATPase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • ATP-dependent activity, acting on DNA
Клітинна компонента	• RSF complex • nuclear replication fork • нуклеоплазма • condensed chromosome • клітинне ядро • fibrillar center • NURF complex • chromatin silencing complex • ISWI-type complex
Біологічний процес	• epigenetic maintenance of chromatin in transcription-competent conformation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0061641 CENP-A containing chromatin assembly • DNA-templated transcription, initiation • nucleosome assembly • ремоделювання хроматину • rDNA heterochromatin assembly • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • cellular response to leukemia inhibitory factor • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


8467


93762

Ensembl


ENSG00000153147


ENSMUSG00000031715

UniProt


O60264


Q91ZW3

RefSeq (мРНК)


NM_003601


NM_053124

RefSeq (білок)


NP_003592


NP_444354

Локус (UCSC)

Хр. 4: 143.51 – 143.56 Mb

Хр. 8: 81.43 – 81.47 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SMARCA5 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 052 амінокислот, а молекулярна маса — 121 905^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSSAAEPPPP	PPPESAPSKP	AASIASGGSN	SSNKGGPEGV	AAQAVASAAS
AGPADAEMEE	IFDDASPGKQ	KEIQEPDPTY	EEKMQTDRAN	RFEYLLKQTE
LFAHFIQPAA	QKTPTSPLKM	KPGRPRIKKD	EKQNLLSVGD	YRHRRTEQEE
DEELLTESSK	ATNVCTRFED	SPSYVKWGKL	RDYQVRGLNW	LISLYENGIN
GILADEMGLG	KTLQTISLLG	YMKHYRNIPG	PHMVLVPKST	LHNWMSEFKR
WVPTLRSVCL	IGDKEQRAAF	VRDVLLPGEW	DVCVTSYEML	IKEKSVFKKF
NWRYLVIDEA	HRIKNEKSKL	SEIVREFKTT	NRLLLTGTPL	QNNLHELWSL
LNFLLPDVFN	SADDFDSWFD	TNNCLGDQKL	VERLHMVLRP	FLLRRIKADV
EKSLPPKKEV	KIYVGLSKMQ	REWYTRILMK	DIDILNSAGK	MDKMRLLNIL
MQLRKCCNHP	YLFDGAEPGP	PYTTDMHLVT	NSGKMVVLDK	LLPKLKEQGS
RVLIFSQMTR	VLDILEDYCM	WRNYEYCRLD	GQTPHDERQD	SINAYNEPNS
TKFVFMLSTR	AGGLGINLAT	ADVVILYDSD	WNPQVDLQAM	DRAHRIGQTK
TVRVFRFITD	NTVEERIVER	AEMKLRLDSI	VIQQGRLVDQ	NLNKIGKDEM
LQMIRHGATH	VFASKESEIT	DEDIDGILER	GAKKTAEMNE	KLSKMGESSL
RNFTMDTESS	VYNFEGEDYR	EKQKIAFTEW	IEPPKRERKA	NYAVDAYFRE
ALRVSEPKAP	KAPRPPKQPN	VQDFQFFPPR	LFELLEKEIL	FYRKTIGYKV
PRNPELPNAA	QAQKEEQLKI	DEAESLNDEE	LEEKEKLLTQ	GFTNWNKRDF
NQFIKANEKW	GRDDIENIAR	EVEGKTPEEV	IEYSAVFWER	CNELQDIEKI
MAQIERGEAR	IQRRISIKKA	LDTKIGRYKA	PFHQLRISYG	TNKGKNYTEE
EDRFLICMLH	KLGFDKENVY	DELRQCIRNS	PQFRFDWFLK	SRTAMELQRR
CNTLITLIER	ENMELEEKEK	AEKKKRGPKP	STQKRKMDGA	PDGRGRKKKL
KL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі як ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Aalfs J.D., Narlikar G.J., Kingston R.E. (2001). Functional differences between the human ATP-dependent nucleosome remodeling proteins BRG1 and SNF2H. J. Biol. Chem. 276: 34270—34278. PMID 11435432 DOI:10.1074/jbc.M104163200
Bozhenok L., Wade P.A., Varga-Weisz P. (2002). WSTF-ISWI chromatin remodeling complex targets heterochromatic replication foci. EMBO J. 21: 2231—2241. PMID 11980720 DOI:10.1093/emboj/21.9.2231
Dirscherl S.S., Krebs J.E. (2004). Functional diversity of ISWI complexes. Biochem. Cell Biol. 82: 482—489. PMID 15284901 DOI:10.1139/o04-044
Cavellan E., Asp P., Percipalle P., Oestlund Farrants A.-K. (2006). The WSTF-SNF2h chromatin remodeling complex interacts with several nuclear proteins in transcription. J. Biol. Chem. 281: 16264—16271. PMID 16603771 DOI:10.1074/jbc.M600233200

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11101 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, O60264 (англ.) . Архів оригіналу за 22 вересня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.