SLIT2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2V70, 2V9S, 2V9T, 2WFH

Ідентифікатори

Символи

SLIT2, SLIL3, Slit-2, slit guidance ligand 2

Зовнішні ІД

OMIM: 603746 MGI: 1315205 HomoloGene: 3516 GeneCards: SLIT2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• calcium ion binding • heparin binding • protein homodimerization activity • GTPase inhibitor activity • laminin-1 binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • Roundabout binding • proteoglycan binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • мембрана • extracellular region • cell surface • екзосома • клітинна мембрана • міжклітинний простір
Біологічний процес	• GO:0033128 negative regulation of protein phosphorylation • negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway • negative regulation of neutrophil chemotaxis • negative regulation of cellular response to growth factor stimulus • chemorepulsion involved in embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration • диференціація клітин • ureteric bud development • negative chemotaxis • negative regulation of actin filament polymerization • negative regulation of small GTPase mediated signal transduction • negative regulation of retinal ganglion cell axon guidance • negative regulation of mononuclear cell migration • corticospinal neuron axon guidance through spinal cord • negative regulation of smooth muscle cell migration • Roundabout signaling pathway • positive regulation of axonogenesis • нейробіологія розвитку • cell migration involved in sprouting angiogenesis • negative regulation of endothelial cell migration • axon guidance • multicellular organism development • хемотаксис • negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis • cellular response to hormone stimulus • negative regulation of cell migration • negative regulation of monocyte chemotaxis • negative regulation of cell growth • response to cortisol • apoptotic process involved in luteolysis • positive regulation of apoptotic process • induction of negative chemotaxis • cellular response to heparin • motor neuron axon guidance • branching morphogenesis of an epithelial tube • negative regulation of leukocyte chemotaxis • chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration • axon extension involved in axon guidance • negative regulation of lamellipodium assembly • negative regulation of vascular permeability • retinal ganglion cell axon guidance • GO:0034259 negative regulation of GTPase activity • aortic valve morphogenesis • pulmonary valve morphogenesis • ventricular septum morphogenesis
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9353


20563

Ensembl


ENSG00000145147


ENSMUSG00000031558

UniProt


O94813


Q9R1B9

RefSeq (мРНК)


NM_001289135 NM_001289136 NM_004787


NM_001291227 NM_001291228 NM_178804

RefSeq (білок)


NP_001276064 NP_001276065 NP_004778


NP_001278156 NP_001278157 NP_848919

Локус (UCSC)

Хр. 4: 20.25 – 20.62 Mb

Хр. 5: 48.14 – 48.47 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SLIT2 (англ. Slit guidance ligand 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 529 амінокислот, а молекулярна маса — 169 870^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRGVGWQMLS	LSLGLVLAIL	NKVAPQACPA	QCSCSGSTVD	CHGLALRSVP
RNIPRNTERL	DLNGNNITRI	TKTDFAGLRH	LRVLQLMENK	ISTIERGAFQ
DLKELERLRL	NRNHLQLFPE	LLFLGTAKLY	RLDLSENQIQ	AIPRKAFRGA
VDIKNLQLDY	NQISCIEDGA	FRALRDLEVL	TLNNNNITRL	SVASFNHMPK
LRTFRLHSNN	LYCDCHLAWL	SDWLRQRPRV	GLYTQCMGPS	HLRGHNVAEV
QKREFVCSGH	QSFMAPSCSV	LHCPAACTCS	NNIVDCRGKG	LTEIPTNLPE
TITEIRLEQN	TIKVIPPGAF	SPYKKLRRID	LSNNQISELA	PDAFQGLRSL
NSLVLYGNKI	TELPKSLFEG	LFSLQLLLLN	ANKINCLRVD	AFQDLHNLNL
LSLYDNKLQT	IAKGTFSPLR	AIQTMHLAQN	PFICDCHLKW	LADYLHTNPI
ETSGARCTSP	RRLANKRIGQ	IKSKKFRCSA	KEQYFIPGTE	DYRSKLSGDC
FADLACPEKC	RCEGTTVDCS	NQKLNKIPEH	IPQYTAELRL	NNNEFTVLEA
TGIFKKLPQL	RKINFSNNKI	TDIEEGAFEG	ASGVNEILLT	SNRLENVQHK
MFKGLESLKT	LMLRSNRITC	VGNDSFIGLS	SVRLLSLYDN	QITTVAPGAF
DTLHSLSTLN	LLANPFNCNC	YLAWLGEWLR	KKRIVTGNPR	CQKPYFLKEI
PIQDVAIQDF	TCDDGNDDNS	CSPLSRCPTE	CTCLDTVVRC	SNKGLKVLPK
GIPRDVTELY	LDGNQFTLVP	KELSNYKHLT	LIDLSNNRIS	TLSNQSFSNM
TQLLTLILSY	NRLRCIPPRT	FDGLKSLRLL	SLHGNDISVV	PEGAFNDLSA
LSHLAIGANP	LYCDCNMQWL	SDWVKSEYKE	PGIARCAGPG	EMADKLLLTT
PSKKFTCQGP	VDVNILAKCN	PCLSNPCKND	GTCNSDPVDF	YRCTCPYGFK
GQDCDVPIHA	CISNPCKHGG	TCHLKEGEED	GFWCICADGF	EGENCEVNVD
DCEDNDCENN	STCVDGINNY	TCLCPPEYTG	ELCEEKLDFC	AQDLNPCQHD
SKCILTPKGF	KCDCTPGYVG	EHCDIDFDDC	QDNKCKNGAH	CTDAVNGYTC
ICPEGYSGLF	CEFSPPMVLP	RTSPCDNFDC	QNGAQCIVRI	NEPICQCLPG
YQGEKCEKLV	SVNFINKESY	LQIPSAKVRP	QTNITLQIAT	DEDSGILLYK
GDKDHIAVEL	YRGRVRASYD	TGSHPASAIY	SVETINDGNF	HIVELLALDQ
SLSLSVDGGN	PKIITNLSKQ	STLNFDSPLY	VGGMPGKSNV	ASLRQAPGQN
GTSFHGCIRN	LYINSELQDF	QKVPMQTGIL	PGCEPCHKKV	CAHGTCQPSS
QAGFTCECQE	GWMGPLCDQR	TNDPCLGNKC	VHGTCLPINA	FSYSCKCLEG
HGGVLCDEEE	DLFNPCQAIK	CKHGKCRLSG	LGQPYCECSS	GYTGDSCDRE
ISCRGERIRD	YYQKQQGYAA	CQTTKKVSRL	ECRGGCAGGQ	CCGPLRSKRR
KYSFECTDGS	SFVDEVEKVV	KCGCTRCVS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку. Задіяний у таких біологічних процесах як хемотаксис, диференціація, нейрогенез, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з молекулою гепарину. Секретований назовні.

Література

Itoh A., Miyabayashi T., Ohno M., Sakano S. (1998). Cloning and expressions of three mammalian homologues of Drosophila slit suggest possible roles for Slit in the formation and maintenance of the nervous system. Brain Res. Mol. Brain Res. 62: 175—186. PMID 9813312 DOI:10.1016/S0169-328X(98)00224-1
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Zou Y., Stoeckli E., Chen H., Tessier-Lavigne M. (2000). Squeezing axons out of the gray matter: a role for slit and semaphorin proteins from midline and ventral spinal cord. Cell. 102: 363—375. PMID 10975526 DOI:10.1016/S0092-8674(00)00041-6
Stein E., Tessier-Lavigne M. (2001). Hierarchical organization of guidance receptors: silencing of netrin attraction by slit through a Robo/DCC receptor complex. Science. 291: 1928—1938. PMID 11239147 DOI:10.1126/science.1058445
Wong K., Park H.T., Wu J.Y., Rao Y. (2002). Slit proteins: molecular guidance cues for cells ranging from neurons to leukocytes. Curr. Opin. Genet. Dev. 12: 583—591. PMID 12200164 DOI:10.1016/S0959-437X(02)00343-X
Niclou S.P., Jia L., Raper J.A. (2000). Slit2 is a repellent for retinal ganglion cell axons. J. Neurosci. 20: 4962—4974. PMID 10864954

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11086 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, O94813 (англ.) . Архів оригіналу за 25 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.