SFSWAP

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2E5Z, 2E60

Ідентифікатори

Символи

SFSWAP, SFRS8, SWAP, splicing factor SWAP homolog, splicing factor SWAP

Зовнішні ІД

OMIM: 601945 MGI: 101760 HomoloGene: 134548 GeneCards: SFSWAP

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро
Біологічний процес	• mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Альтернативний сплайсинг • transcription, DNA-templated • Сплайсинг РНК • mRNA 5'-splice site recognition
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6433


231769

Ensembl


ENSG00000061936


ENSMUSG00000029439

UniProt


Q12872


Q3USH5

RefSeq (мРНК)


NM_001261411 NM_004592 NM_152235

NM_001035259 NM_172276 NM_001359952 NM_001378915 NM_001378916
NM_001378917

RefSeq (білок)


NP_001248340 NP_004583


NP_758480 NP_001346881 NP_001365844 NP_001365845 NP_001365846

Локус (UCSC)

Хр. 12: 131.71 – 131.8 Mb

Хр. 5: 129.58 – 129.65 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SFSWAP (англ. Splicing factor SWAP homolog) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 951 амінокислот, а молекулярна маса — 104 822^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MYGASGGRAK	PERKSGAKEE	AGPGGAGGGG	SRVELLVFGY	ACKLFRDDER
ALAQEQGQHL	IPWMGDHKIL	IDRYDGRGHL	HDLSEYDAEY	STWNRDYQLS
EEEARIEALC	DEERYLALHT	DLLEEEARQE	EEYKRLSEAL	AEDGSYNAVG
FTYGSDYYDP	SEPTEEEEPS	KQREKNEAEN	LEENEEPFVA	PLGLSVPSDV
ELPPTAKMHA	IIERTASFVC	RQGAQFEIML	KAKQARNSQF	DFLRFDHYLN
PYYKFIQKAM	KEGRYTVLAE	NKSDEKKKSG	VSSDNEDDDD	EEDGNYLHPS
LFASKKCNRL	EELMKPLKVV	DPDHPLAALV	RKAQADSSTP	TPHNADGAPV
QPSQVEYTAD	STVAAMYYSY	YMLPDGTYCL	APPPPGIDVT	TYYSTLPAGV
TVSNSPGVTT	TAPPPPGTTP	LPPPTTAETS	SGATSTTTTT	SALAPVAAII
PPPPDVQPVI	DKLAEYVARN	GLKFETSVRA	KNDQRFEFLQ	PWHQYNAYYE
FKKQFFLQKE	GGDSMQAVSA	PEEAPTDSAP	EKPSDAGEDG	APEDAAEVGA
RAGSGGKKEA	SSSKTVPDGK	LVKASFAPIS	FAIKAKENDL	LPLEKNRVKL
DDDSDDDEES	KEGQESSSSA	ANTNPAVAPP	CVVVEEKKPQ	LTQEELEAKQ
AKQKLEDRLA	AAAREKLAQA	SKESKEKQLQ	AERKRKAALF	LQTLKNPLPE
AEAGKIEESP	FSVEESSTTP	CPLLTGGRPL	PTLEVKPPDR	PSSKSKDPPR
EEEKEKKKKK	HKKRSRTRSR	SPKYHSSSKS	RSRSHSKAKH	SLPSAYRTVR
RSRSRSRSPR	RRAHSPERRR	EERSVPTAYR	VSRSPGASRK	RTRSRSPHEK
KKKRRSRSRT	KSKARSQSVS	PSKQAAPRPA	APAAHSAHSA	SVSPVESRGS
SQERSRGVSQ	EKEAQISSAI	VSSVQSKITQ	DLMAKVRAML	AASKNLQTSA
S

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Sarkissian M., Winne A., Lafyatis R. (1996). The mammalian homolog of suppressor-of-white-apricot regulates alternative mRNA splicing of CD45 exon 4 and fibronectin IIICS. J. Biol. Chem. 271: 31106—31114. PMID 8940107 DOI:10.1074/jbc.271.49.31106
Denhez F., Lafyatis R. (1994). Conservation of regulated alternative splicing and identification of functional domains in vertebrate homologs to the Drosophila splicing regulator, suppressor-of-white-apricot. J. Biol. Chem. 269: 16170—16179. PMID 8206918

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10790 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q12872 (англ.) . Архів оригіналу за 2 грудня 2016. Процитовано 11 вересня 2017.