PRDM16 |
---|
|
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | PRDM16, CMD1LL, LVNC8, MEL1, PFM13, PR domain 16, PR/SET domain 16, KMT8F |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 605557 MGI: 1917923 HomoloGene: 11139 GeneCards: PRDM16 |
---|
|
Пов'язані генетичні захворювання |
---|
мігрень[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • зв'язування з іоном металу • sequence-specific DNA binding • SMAD binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • DNA binding • nucleic acid binding • histone-lysine N-methyltransferase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • histone methyltransferase activity (H3-K9 specific) • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity |
---|
Клітинна компонента | • transcription repressor complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • aggresome • цитоплазма |
---|
Біологічний процес | • positive regulation of brown fat cell differentiation • tongue development • transcription, DNA-templated • regulation of cellular respiration • somatic stem cell population maintenance • Нейрогенез • stem cell population maintenance • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • white fat cell differentiation • roof of mouth development • negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway • brown fat cell differentiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • диференціація клітин • negative regulation of granulocyte differentiation • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone lysine methylation • positive regulation of cold-induced thermogenesis • histone H3-K9 methylation • heterochromatin organization • Метилювання |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | | NM_001177995 NM_001291026 NM_001291029 NM_027504 |
|
---|
RefSeq (білок) | | | NP_001171466 NP_001277955 NP_001277958 NP_081780 |
|
---|
Локус (UCSC) | Хр. 1: 3.07 – 3.44 Mb | Хр. 4: 154.4 – 154.72 Mb |
---|
PubMed search | [2] | [3] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
PRDM16 (англ. PR/SET domain 16) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 276 амінокислот, а молекулярна маса — 140 251[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MRSKARARKL | | AKSDGDVVNN | | MYEPNRDLLA | | SHSAEDEAED | | SAMSPIPVGP |
PSPFPTSEDF | | TPKEGSPYEA | | PVYIPEDIPI | | PADFELRESS | | IPGAGLGVWA |
KRKMEAGERL | | GPCVVVPRAA | | AKETDFGWEQ | | ILTDVEVSPQ | | EGCITKISED |
LGSEKFCVDA | | NQAGAGSWLK | | YIRVACSCDD | | QNLTMCQISE | | QIYYKVIKDI |
EPGEELLVHV | | KEGVYPLGTV | | PPGLDEEPTF | | RCDECDELFQ | | SKLDLRRHKK |
YTCGSVGAAL | | YEGLAEELKP | | EGLGGGSGQA | | HECKDCERMF | | PNKYSLEQHM |
VIHTEEREYK | | CDQCPKAFNW | | KSNLIRHQMS | | HDSGKRFECE | | NCVKVFTDPS |
NLQRHIRSQH | | VGARAHACPD | | CGKTFATSSG | | LKQHKHIHST | | VKPFICEVCH |
KSYTQFSNLC | | RHKRMHADCR | | TQIKCKDCGQ | | MFSTTSSLNK | | HRRFCEGKNH |
YTPGGIFAPG | | LPLTPSPMMD | | KAKPSPSLNH | | ASLGFNEYFP | | SRPHPGSLPF |
STAPPTFPAL | | TPGFPGIFPP | | SLYPRPPLLP | | PTSLLKSPLN | | HTQDAKLPSP |
LGNPALPLVS | | AVSNSSQGTT | | AAAGPEEKFE | | SRLEDSCVEK | | LKTRSSDMSD |
GSDFEDVNTT | | TGTDLDTTTG | | TGSDLDSDVD | | SDPDKDKGKG | | KSAEGQPKFG |
GGLAPPGAPN | | SVAEVPVFYS | | QHSFFPPPDE | | QLLTATGAAG | | DSIKAIASIA |
EKYFGPGFMG | | MQEKKLGSLP | | YHSAFPFQFL | | PNFPHSLYPF | | TDRALAHNLL |
VKAEPKSPRD | | ALKVGGPSAE | | CPFDLTTKPK | | DVKPILPMPK | | GPSAPASGEE |
QPLDLSIGSR | | ARASQNGGGR | | EPRKNHVYGE | | RKLGAGEGLP | | QVCPARMPQQ |
PPLHYAKPSP | | FFMDPIYSRV | | EKRKVTDPVG | | ALKEKYLRPS | | PLLFHPQMSA |
IETMTEKLES | | FAAMKADSGS | | SLQPLPHHPF | | NFRSPPPTLS | | DPILRKGKER |
YTCRYCGKIF | | PRSANLTRHL | | RTHTGEQPYR | | CKYCDRSFSI | | SSNLQRHVRN |
IHNKEKPFKC | | HLCNRCFGQQ | | TNLDRHLKKH | | EHENAPVSQH | | PGVLTNHLGT |
SASSPTSESD | | NHALLDEKED | | SYFSEIRNFI | | ANSEMNQAST | | RTEKRADMQI |
VDGSAQCPGL | | ASEKQEDVEE | | EDDDDLEEDD | | EDSLAGKSQD | | DTVSPAPEPQ |
AAYEDEEDEE | | PAASLAVGFD | | HTRRCAEDHE | | GGLLALEPMP | | TFGKGLDLRR |
AAEEAFEVKD | | VLNSTLDSEA | | LKHTLCRQAK | | NQAYAMMLSL | | SEDTPLHTPS |
QGSLDAWLKV | | TGATSESGAF | | HPINHL |
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, диференціація, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Примітки
- ↑ Захворювання, генетично пов'язані з PRDM16 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:14000 (англ.) . Процитовано 28 серпня 2017.
{{cite web}}
: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання) - ↑ UniProt, Q9HAZ2 (англ.) . Архів оригіналу за 7 жовтня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
На цю статтю не посилаються інші статті Вікіпедії. Будь ласка розставте посилання відповідно до прийнятих рекомендацій. |