KDM1B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4FWE, 4FWF, 4FWJ, 4GU0, 4GU1, 4GUR, 4GUS, 4GUT, 4GUU, 4HSU

Ідентифікатори

Символи

KDM1B, AOF1, C6orf193, LSD2, bA204B7.3, dJ298J15.2, lysine demethylase 1B

Зовнішні ІД

OMIM: 613081 MGI: 2145261 HomoloGene: 131158 GeneCards: KDM1B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• зв'язування з іоном металу • DNA binding • oxidoreductase activity • flavin adenine dinucleotide binding • histone demethylase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • zinc ion binding • GO:0031493 histone binding • FAD binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро • нуклеоплазма • Нуклеосома
Біологічний процес	• multicellular organism development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of gene expression by genetic imprinting • regulation of DNA methylation • transcription, DNA-templated • DNA methylation involved in gamete generation • protein deubiquitination • histone H3-K4 demethylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


221656


218214

Ensembl


ENSG00000165097


ENSMUSG00000038080

UniProt


Q8NB78


Q8CIG3

RefSeq (мРНК)


NM_153042 NM_001364614


NM_172262

RefSeq (білок)


NP_694587 NP_001351543


NP_758466 NP_001389837 NP_001389838

Локус (UCSC)

Хр. 6: 18.16 – 18.22 Mb

Хр. 13: 47.2 – 47.24 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM1B (англ. Lysine demethylase 1B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 822 амінокислот, а молекулярна маса — 92 098^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MATPRGRTKK	KASFDHSPDS	LPLRSSGRQA	KKKATETTDE	DEDGGSEKKY
RKCEKAGCTA	TCPVCFASAS	ERCAKNGYTS	RWYHLSCGEH	FCNECFDHYY
RSHKDGYDKY	TTWKKIWTSN	GKTEPSPKAF	MADQQLPYWV	QCTKPECRKW
RQLTKEIQLT	PQIAKTYRCG	MKPNTAIKPE	TSDHCSLPED	LRVLEVSNHW
WYSMLILPPL	LKDSVAAPLL	SAYYPDCVGM	SPSCTSTNRA	AATGNASPGK
LEHSKAALSV	HVPGMNRYFQ	PFYQPNECGK	ALCVRPDVME	LDELYEFPEY
SRDPTMYLAL	RNLILALWYT	NCKEALTPQK	CIPHIIVRGL	VRIRCVQEVE
RILYFMTRKG	LINTGVLSVG	ADQYLLPKDY	HNKSVIIIGA	GPAGLAAARQ
LHNFGIKVTV	LEAKDRIGGR	VWDDKSFKGV	TVGRGAQIVN	GCINNPVALM
CEQLGISMHK	FGERCDLIQE	GGRITDPTID	KRMDFHFNAL	LDVVSEWRKD
KTQLQDVPLG	EKIEEIYKAF	IKESGIQFSE	LEGQVLQFHL	SNLEYACGSN
LHQVSARSWD	HNEFFAQFAG	DHTLLTPGYS	VIIEKLAEGL	DIQLKSPVQC
IDYSGDEVQV	TTTDGTGYSA	QKVLVTVPLA	LLQKGAIQFN	PPLSEKKMKA
INSLGAGIIE	KIALQFPYRF	WDSKVQGADF	FGHVPPSASK	RGLFAVFYDM
DPQKKHSVLM	SVIAGEAVAS	VRTLDDKQVL	QQCMATLREL	FKEQEVPDPT
KYFVTRWSTD	PWIQMAYSFV	KTGGSGEAYD	IIAEDIQGTV	FFAGEATNRH
FPQTVTGAYL	SGVREASKIA	AF

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ФАД, флавопротеїном. Локалізований у ядрі.

Література

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:21577 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q8NB78 (англ.) . Архів оригіналу за 4 червня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.