DDX20

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2OXC, 3B7G

Ідентифікатори

Символи

DDX20, DP103, GEMIN3, DEAD-box helicase 20

Зовнішні ІД

OMIM: 606168 MGI: 1858415 HomoloGene: 5214 GeneCards: DDX20

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • protein-macromolecule adaptor activity • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • protein domain specific binding • histone deacetylase binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding
Клітинна компонента	• SMN-Sm protein complex • гіалоплазма • мембрана • transcription repressor complex • нуклеоплазма • SMN complex • RNA polymerase II transcription repressor complex • цитоскелет • клітинне ядро • gemini of coiled bodies • цитоплазма • ядерні тільця • ядерце
Біологічний процес	• GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • spliceosomal tri-snRNP complex assembly • mRNA processing • regulation of steroid biosynthetic process • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • Оогенез • spliceosomal snRNP assembly • RNA secondary structure unwinding • Сплайсинг РНК • positive regulation of apoptotic process • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • import into nucleus
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


11218


53975

Ensembl


ENSG00000064703


ENSMUSG00000027905

UniProt


Q9UHI6


Q9JJY4

RefSeq (мРНК)


NM_007204


NM_017397

RefSeq (білок)


NP_009135


NP_059093

Локус (UCSC)

Хр. 1: 111.75 – 111.78 Mb

Хр. 3: 105.59 – 105.59 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

DDX20 (англ. DEAD-box helicase 20) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 824 амінокислот, а молекулярна маса — 92 241^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAAAFEASGA	LAAVATAMPA	EHVAVQVPAP	EPTPGPVRIL	RTAQDLSSPR
TRTGDVLLAE	PADFESLLLS	RPVLEGLRAA	GFERPSPVQL	KAIPLGRCGL
DLIVQAKSGT	GKTCVFSTIA	LDSLVLENLS	TQILILAPTR	EIAVQIHSVI
TAIGIKMEGL	ECHVFIGGTP	LSQDKTRLKK	CHIAVGSPGR	IKQLIELDYL
NPGSIRLFIL	DEADKLLEEG	SFQEQINWIY	SSLPASKQML	AVSATYPEFL
ANALTKYMRD	PTFVRLNSSD	PSLIGLKQYY	KVVNSYPLAH	KVFEEKTQHL
QELFSRIPFN	QALVFSNLHS	RAQHLADILS	SKGFPAECIS	GNMNQNQRLD
AMAKLKHFHC	RVLISTDLTS	RGIDAEKVNL	VVNLDVPLDW	ETYMHRIGRA
GRFGTLGLTV	TYCCRGEEEN	MMMRIAQKCN	INLLPLPDPI	PSGLMEECVD
WDVEVKAAVH	TYGIASVPNQ	PLKKQIQKIE	RTLQIQKAHG	DHMASSRNNS
VSGLSVKSKN	NTKQKLPVKS	HSECGIIEKA	TSPKELGCDR	QSEEQMKNSV
QTPVENSTNS	QHQVKEALPV	SLPQIPCLSS	FKIHQPYTLT	FAELVEDYEH
YIKEGLEKPV	EIIRHYTGPG	DQTVNPQNGF	VRNKVIEQRV	PVLASSSQSG
DSESDSDSYS	SRTSSQSKGN	KSYLEGSSDN	QLKDSESTPV	DDRISLEQPP
NGSDTPNPEK	YQESPGIQMK	TRLKEGASQR	AKQSRRNLPR	RSSFRLQTEA
QEDDWYDCHR	EIRLSFSDTY	QDYEEYWRAY	YRAWQEYYAA	ASHSYYWNAQ
RHPSWMAAYH	MNTIYLQEMM	HSNQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Narayanan U., Ospina J.K., Frey M.R., Hebert M.D., Matera A.G. (2002). SMN, the spinal muscular atrophy protein, forms a pre-import snRNP complex with snurportin1 and importin beta. Hum. Mol. Genet. 11: 1785—1795. PMID 12095920 DOI:10.1093/hmg/11.15.1785
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2743 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q9UHI6 (англ.) . Архів оригіналу за 30 грудня 2016. Процитовано 28 серпня 2017.