A

• Alster
• Apfelstädt
• Ascherbach
• Auma

B

• Biber
• Bibra
• Blambach
• Bode
• Breitenbach
• Breitstrom

D

• Dammbach
• Deube
• Dober
• Dürrbach

E

• Effelder
• Eichbach
• Ellenbach
• Eller
• Elschnitztalbach
• Elte
• Emse
• Erbstrom
• Erle

F

• Felda
• Freibach
• Frieda

G

• Gabelbach
• Geislede
• Gera
• Geroder Eller
• Gessenbach
• Gleise
• Göltzsch
• Gönnerbach
• Göritz
• Gramme
• Grumbach
• Grümpen

H

• Habergrund
• Hädderbach
• Hahle
• Hasel
• Helme
• Herpf
• Hörsel
• Humbach, tributary of the Ilm
• Humbach, tributary of the Schwarzbach

I

• Ifta
• Ilm
• Itz

J

• Jüchnitz
• Jüchse

K

• Katza
• Kieselbach
• Klettenberger Mühlgraben
• Körnbach
• Kotschau
• Kupferbach

L

• Laucha
• Lauter
• Lauterbach
• Leina
• Leine
• Lempertsbach
• Lengwitz
• Leutra, a tributary of the Saale in the centre of Jena
• Leutra, a tributary of the Saale in the district Maua of Jena
• Lichte
• Lichtenau
• Linderbach
• Lohme
• Loquitz
• Lossa
• Lütsche
• Lütsche-Flößgraben
• Lutter

M

• Madel
• Magdel
• Milz
• Mühlwasser

N

• Nahe
• Nesse
• Neubrunn
• Notter

O

• Oechse
• Oelze
• Ohne
• Ohra
• Orla

P

• Pfitzbach
• Piesau
• Pleiße

R

• Reichenbach
• Retschenbach
• Rettbach
• Rinne
• Rinnebach
• Roda
• Rodach
• Rohrgraben
• Rosabach
• Rot, also called Roth
• Röthen
• Rottenbach, tributary of the Ilm
• Rottenbach, tributary of the Rinne

S

• Saar
• Salza
• Scherkonde
• Schleuse
• Schmale Gera
• Schmalkalde
• Schnauder
• Schnellmannshäuser Bach
• Schobse
• Schorte
• Schwarza, tributary of the Hasel
• Schwarza, tributary of the Ilm
• Schwarza, tributary of the Saale
• Schwarzbach
• Schweina
• Seebach
• Sieglitz
• Sorbitz
• Sormitz
• Spitter
• Spring
• Sprotte
• Steinach
• Stille
• Streu
• Suhl, tributary of the Weihe
• Suhl, tributary of the Werra
• Sülze
• Saale

T

• Taft
• Tannbach
• Taubach
• Thüringische Muschwitz
• Tonna
• Tonndorfbach
• Töpener Bach or Töpenbach – alternative name of the Kupferbach
• Truse

U

• Uffe, former name of the Klettenberger Mühlgraben
• Uffe, tributary of the Wieda
• Ulster
• Unstrut

V

• Vesser
• Vippach

W

• Walkstrom
• Weid
• Weida
• Weihe
• Weilroder Eller
• White Elster
• Weißbach
• Werra
• Wethau
• Wieda
• Wilde Gera, a headstream of the Gera
• Wilde Gera, a small arm of the Gera in Erfurt
• Wilder Graben, tributary of the Nesse
• Wilder Graben, tributary of the Seebach
• Wipfra
• Wipper
• Wirrbach
• Wisenta
• Wohlrose
• Wümbach
• Wyhra

Z

• Zahme Gera
• Zaufensgraben
• Zeilbach
• Zeitzbach
• Zimmerbach
• Zorge