| | | km | | Name of Section |
| | | 0.00 | Estación de San Juan | Start of Línea A |
| | | 2.67 | Puente de San Antonio |
| | | 4.05 | Santurce | Línea A |
| | | 7.21 | Puente de Martín Peña |
| | | 7.92 | Estación Martín Peña | Línea A |
| | | 11.29 | Río Piedras | Línea B |
| | | 21.90 | Carolina | Línea B |
| | | | Eastward to link Fajardo Development Company Railroad |
| | | 19.00 | Bayamón | Línea A |
| | | 31.43 | Toa Baja | Línea A |
| | | 31.88 | Puente del Río La Plata |
| | | 32.86 | Dorado | Línea A |
| | | 43.37 | Central San Vicente, Vega Baja | Línea A |
| | | 46.15 | Vega Baja | Línea A |
| | | 54.62 | Estación Campo Alegre, Manatí | Línea A |
| | | 57.41 | Manatí | Línea A |
| | | 63.23 | Puente del Río Grande de Manatí |
| | | 64.26 | Barceloneta | Línea A |
| | | 82.06 | Puente del Río Arecibo | Línea A |
| | | 85.05 | Arecibo | Línea A |
| | | 97.60 | Hatillo | Línea A |
| | | 98.90 | Puente del Río Camuy |
| | | 99.10 | Camuy | Línea A |
| | | | End of the line built by Compañía de Ferrocarriles de PR (1888-1894) | Start of the section built by American Railroad Company (1902-1908) | |
| | | 105.00 | Puente Blanco, Quebradillas |
| | | 110.80 | Quebradillas | Línea A |
| | | 115.60 | Puente del Río Guajataca |
| | | 117.40 | Túnel de Guajataca |
| | | 122.10 | Isabela | Línea A |
| | | | End of the section built by American Railroad Company (1902-1908) | Start of the line built by Compañía de Ferrocarriles de PR (1890-1893) | |
| | | 142.50 | Aguadilla | Línea C |
| | | 147.40 | Central Coloso, Aguada | Línea C |
| | | 150.90 | Aguada | Línea C |
| | | 163.20 | Rincón | Línea C |
| | | 165.50 | Estación Córcega, Rincón | Línea C |
| | | 177.70 | Añasco | Línea C |
| | | 179.20 | Puente del Río Grande de Añasco |
| | | 186.90 | Mayagüez Playa | Línea C |
| | | 188.20 | Mayagüez Ciudad | Línea C |
| | | 198.20 | Hormigueros | Línea C |
| | | | End of the line built by Compañía de Ferrocarriles de PR (1890-1893) | Start of the section built by American Railroad Company (1903-1904) | |
| | | | Estación Filial Amor / Start of Ramal Cabo Rojo (1903) | Línea C |
| | | | Main line of American Railroad Company trough San Germán |
| | | +7.30 | Cabo Rojo | "Cabo Rojo" Spur |
| | | | Ramal Sabana Grande (1906) | Start of "Tren Batata" Spur |
| | | | San Germán | Línea C |
| | | +13.65 | Sabana Grande | End of "Tren Batata" Spur |
| | | +18.20 | Estación Boquerón, Cabo Rojo | "Cabo Rojo" Spur |
| | | 216.50 | Lajas Ciudad | Línea C |
| | | 218.10 | Lajas Estación / End of Ramal Cabo Rojo (1903) | Línea C |
| | | 226.70 | Estación La Plata, Lajas | Línea C |
| | | 237.70 | Estación Santa Rita, Guánica | Línea C |
| | | | End of the section built by American Railroad Company (1903-1904) | Start of the line built by Compañía de Ferrocarriles de PR (1890-1892) | |
| | | 242.20 | Yauco | Línea D |
| | | 245.60 | Puente del Río Yauco |
| | | 254.60 | Guayanilla | Línea D |
| | | 262.40 | Tallaboa | Línea D |
| | | 276.78 | Ponce | Línea D |
| | | | |
| | | 278.76 | Puente del Río Bucaná / End of the section built by CFPR (1890-1892) |
| | | 279.27 | |
| | | 285.81 | Estación Fortuna, Juana Díaz |
| | | 297.55 | Central Cortada, Santa Isabel |
| | | 301.70 | Santa Isabel |
| | | 313.60 | Salinas |
| | | 321.90 | Central Aguirre, Salinas |
| | | 336.10 | Guayama |
| | | km | | |
| | | | | | |